در حالی که یک سپتیک تانک اگر صحیح نگهداری و و در مکان مناسب نصب شود نسبت به پکیج تصفیه فاضلاب در مناطق شهری که به صورت متمرکز است تقریبا هیچ مشکل زیست محیطی ندارد، اما با این وجود سپتیک تانک اگر در مکان نامناسب نصب شود، مشکلات خاصی ایجاد می کند.
تولید گاز و بو
برخی از ترکیبات فاضلاب، به ویژه سولفات، تحت شرایط بی هوازی سپتیک تانک ، به سولفید هیدروژن، گاز تند و سمی تنزل می یابند. متان نیز ممکن است منتشر شود. نیترات و ترکیبات نیتروژن آلی می توانند به آمونیاک تقلیل یابند. به دلیل شرایط بی هوازی، فرآیندهای تخمیر صورت می گیرد، که ممکن است دی اکسید کربن و / یا متان تولید کند.
مواد مغذی موجود در فاضلاب
سپتیک تانک به خودی خود در از بین بردن ترکیبات نیتروژن که دارای پتانسیل ایجاد جلبک در آبراه ها هستند بی اثر است. این ترکیبات را می توان با استفاده از تکنولوژی کاهش نیتروژن از بین برد.
فرآیندهای تخمیر باعث می شود تا محتویات یک سپتیک تانک از طریق کاهش پتانسیل اکسیداسیون، بی هوازی شوند که فسفات را در محلول حفظ می کند. تخلیه فسفات ها از سپتیک تانک به محیط زیست باعث رشد گیاهان پرکار از جمله جلبک می شود همچنین ممکن است باعث ظهور سیانو باکتری های سمی نیز شوند.
ظرفیت خاک به اندازه کافی برای نگهداری فسفر بزرگ است و در برابر تخلیه بار سپتیک تانک مقاوم است. اما مشکل زمانی رخ می دهد که سپتیک تانک را در محلی شنی و یا خاک با دانه درشت در مجاورت آب نصب کنند. در این مناطق به دلیل کاهش سطح ذرات، این خاک ها با فسفات اشباع می شوند. و فسفات ممکن از منطقه درمان خارج شده و وارد آب های سطحی شود.
آلودگی آب های سطحی
ایجاد سپتیک تانک در مجاورت آبهای سطحی ممکن است مشکل ایجاد کند. سپتیک تانک اگر به درستی نگهداری نشود ممکن است باعث آلودگی آب های سطحی شود.