میکروارگانیسم ها که یک توده لجن در برج خنک کن به وجود می آورند، میکروب های رایج درخاک، آب و هوا هستند. این میکروب ها ممکن است از طریق ترکیب آب وارد برج خنک کن شوند. تعداد این میکروارگانیسم ها در منابع آبی تازه کم و در فاضلاب ها در تعداد زیاد هستند. مقدار قابل توجهی از این میکروارگانیسم ها نیز از طریق هوای وارد شده به برج خنک کن منتقل می شوند. فرآیند نشت و ترشح نیز به ورود میکروارگانیسم ها به برج خنک کن کمک می کند.
جلبک ها موجودات فتوسنتز کننده هستند. جلبک های سبز و سبز آبی در برج خنک کن بسیار رواج دارند. لازم به ذکر است که امروزه جلبک های سبز آبی در رده باکتری ها طبقه بندی می شوند و سیانو باکتری نامیده می شوند. انواع مختلف جلبک مستعد رشد سبز هستند که صفحه نمایش ها و عرشه های توزیع را مسدود می کنند. رسوب شدید جلبک در برج خنک کن در نهایت می تواند منجر به جریان نامتعادل آب و کاهش بهره وری برج خنک کن شود. دیاتومها (جلبک احاطه شده در یک دیواره سلولی silicaceous) ممکن حضور داشته باشند اما به طور کلی نقش خاصی در مشکلات برج خنک کن ایفا نمی کنند.