زباله هایی که از طریق باکتری های بی هوازی تجزیه نمی شوند باید نهایتا از سپتیک تانک خارج شوند. در غیر این صورت سپتیک تانک پر می شود و فاضلاب حاوی مواد تجزیه نشده به طور مستقیم وارد میدان زهکشی می شود. این عمل نه تنها برای محیط زیست مضر است بلکه اگر لجن از سپتیک تانک سرریز شود و به leach field بریزد، ممکن است لوله کشی سپتیک تانک را مسدود کند و یا موجب کاهش تخلخل خاک شود که در این صورت هزینه تعمیرات بالایی در بر خواهد داشت.
هنگامی که سپتیک تانک خالی شده است، لجن انباشته شده (septage، همچنین به عنوان لجن مدفوعی شناخته می شود) در سپتیک تانک از طریق کامیون پمپ خلا خارج می شود. زمان تخلیه سپتیک تانک بستگی به حجم مرتبط به ورود مواد جامد، مقدار مواد جامد قابل هضم و درجه حرارت محیط (زیرا تجزیه بی هوازی در دماهای بالاتر، کار آمد تر است) و همچنین نوع استفاده و ویژگی های سیستم دارد. بسته به الزامات بهداشتی مورد نیاز برای سپتیک تانک، برخی از انواع سپتیک تانک باید در طول فواصل معین تخلیه گردند. برخی باید هر چند سال و یا کمتر تخلیه شوند در حالی که برخی انواع دیگر سپتیک تانک قادر به پمپاژ 10 تا 20 سال بدون نیاز به تخلیه هستند.
شبکه لوله کشی، اغلب در یک زمین پر از سنگ قرار دارد و فاضلاب در سراسر این شبکه از طریق سوراخ های زهکشی متعدد توزیع شده اند. اندازه زمین تخلیه با حجم پساب متناسب است و با میزان تخلخل زهکشی رابطه معکوس دارد. گاهی برای سیستم ورودی سپتیک ممکن است نیروی گرانش کافی باشد اما گاها نیاز به برخی ملاحظات توپوگرافی نیز وجود دارد. طراحی انواع خاص سپتیک تانک شامل سیفون و یا ابزار دیگر برای افزایش حجم و سرعت خروج مواد است. این ابزار به پرکردن مساوی لوله های زهکشی و زهکشی صحیح کمک می کنند و همچنین از مسدود شدن زودرس سپتیک تانک جلوگیری می کنند.